Η Ένωση πρωτολειτούργησε ως Τ.Ε./Ε.Ο.Κ. ,το 1988. Πρόεδροι της Τ.Ε./ΚΥΚΛΑΔΩΝ υπήρξαν ο ΜΠΑΛΦΟΥΣΙΑΣ ΔΗΜΗΤΡΙΟΣ και ο ΨΑΡΡΟΣ ΣΩΚΡΑΤΗΣ.
Το 1999 εγκρίθηκε η λειτουργία της ΕΝΩΣΗΣ ΣΩΜΑΤΕΙΩΝ ΚΑΛΑΘΟΣΦΑΙΡΙΣΗΣ ΚΥΚΛΑΔΩΝ (Ε.Σ.Κ.Κ.).
Στην δικαιοδοσία της Ένωσης είναι οι ομάδες που ανήκουν στις Κυκλάδες. Έδρα της Ένωσης είναι η Ερμούπολη Σύρου